Au sein d’un muséum les collections d’anthropologie comprennent l’ensemble des restes humains anciens ou actuels qui se présentent sous différentes formes. Généralement ce sont des restes osseux dits « secs » qui correspondent aux éléments du squelette crânien ou post-crânien. Plus rarement, ces restes peuvent conserver des tissus dits « mous » (peau, muscles, viscères, etc.) soit desséchés comme pour les momies ou conservés en milieu liquide. Enfin, des moulages de bustes ou de parties de corps complètent le spectre de ces collections.

L’ancien : du pléistocène à l’antiquité

Les vestiges conservés au muséum datant du Paléolithique sont très peu nombreux et proviennent pour la majorité du Sud-Ouest de la France. Le plus ancien est une canine datée de plus de 100 000 ans et provenant de la grotte du Coupe-gorge à Montmaurin en Haute-Garonne. Cette faible représentation correspond au fait que le peuplement n’était vraisemblablement pas très dense à cette époque et que le type de pratiques funéraires n’a pas favorisé la préservation des restes.

Pour les périodes suivantes (Épipaléolithique, Mésolithique, Néolithique, Âge des métaux) on constate une augmentation significative des populations, de nouvelles pratiques funéraires voient le jour, utilisant les grottes ou édifices en pierre comme lieux de sépultures collectives. Ces changements sociétaux vont mettre à disposition des chercheurs une grande quantité de matériel crânien et post-crânien pour les études anthropologiques.
Dès le début du XIX^e siècle, des scientifiques toulousains comme Jean-Baptiste Noulet, Félix Garrigou ou Édouard Lartet vont se tourner vers les Pyrénées et explorer une grande quantité de cavités à la recherche de l’Homme fossile. Le matériel mis au jour dans les sites comme la grotte de Lombrives ou de L’Herm sera déposé au muséum.

En effet, après s’être intéressé à l’aspect extérieur, la physiognomonie, la grande majorité des recherches va se concentrer sur les restes crâniens, la craniologie, seule région anatomique informative selon les préoccupations, plus politiques que scientifiques, de l’époque.

Les tentatives de classification des êtres humains se faisaient sur des distinctions ou différences purement empiriques mais à la fin du XIX^e, la mise en place de normes et d’instruments de mesures va permettre des études comparatives et la prise en compte de la diversité humaine. L’importance des éléments post-crâniens pour la compréhension de l’Homme ne sera prise en compte que lorsque les paradigmes et préjugés racialistes soutenus par les tenants de la discipline s’effaceront face à l’accumulation de données.

Les collections du muséum de Toulouse témoignent de cette période particulière de la constitution de la discipline et de l’histoire coloniale de notre pays. Si une grande partie des crânes donnés par des anthropologues, des médecins proviennent d’Européens actuels et de cimetières médiévaux comme celui du couvent des Jacobins à Toulouse, d’autres séries déposées au muséum proviennent du monde entier. Nous remarquons en particulier une très belle série de bustes en plâtre récemment restaurés.
Cet enrichissement extra-européen est le fait d’anthropologues en mission d’exploration scientifique, telles que la mission Joseph Montano et Paul Rey en Malaisie et aux Philippines ou la participation de Victor Leygue à l’expédition française du Passage de Vénus en Patagonie en 1882, d’administrateurs coloniaux ou de médecins militaires qui ont prélevé directement sur le champ de bataille des restes humains qui portent encore aujourd’hui les stigmates des violences subies.