La réalisation de ces herbiers avait en général pour but la connaissance de la flore régionale, comme c’est le cas pour les herbiers de Jean-Baptiste Noulet, Armand Peyre, Adrien Lagrèze-Fossat ou Ernest Jeanbernat.
Ces herbiers permettent d’avoir un bon aperçu de ce qui constituait la flore de nos régions à cette période depuis les mousses jusqu’aux plantes à fleurs.
À cette époque les Sociétés botaniques fleurissent dans toute la France et les réunions donnent l’occasion aux botanistes de se rencontrer et d’aller malheureusement piller les stations de plantes les plus rares. La Pensée de Rouen ou l’Aster des Pyrénées ont par exemple beaucoup souffert des prélèvements pour alimenter les herbiers.
À la fin du XIXe siècle, Édouard Timbal-Lagrave a légué au muséum un herbier conséquent : plus de 300 liasses de plantes issues de ses propres collectes mais surtout des parts d’herbiers d’un peu partout en Europe échangées avec d’autres botanistes. Parmi ces plantes échangées, de nombreuses proviennent d’expéditions naturalistes en Algérie, dont celles de Benjamin Balansa ou Odon Debeaux, et donnent un bon aperçu de la flore de ce pays.
Les herbiers permettent donc de voyager à distance et de retracer l’itinéraire et l’emploi du temps des botanistes. En plus du nom de la plante, le lieu et la date de collecte figurent en effet sur l’étiquette.
D’autres petits herbiers sont présents dans nos collections et il faut attendre la fin du XXe siècle et le début du XXIe pour que de nouvelles donations aient lieu avec l’herbier méditerranéen du professeur Jacques Gamisans, grand spécialiste de la flore de Corse et dont l’herbier de Corse est déposé à Genève en Suisse.
Parmi les activités récentes du laboratoire de botanique un herbier est en cours de réalisation et ne concerne que les plantes poussant sur la commune de Toulouse. À vocation scientifique et pédagogique, il permet de savoir ce qui pousse sur un territoire très urbanisé mais bénéficiant encore de grandes surfaces non bâties et plusieurs voies d’eau. Il sert de comparaison avec des flores toulousaines du XIXe et début du XXe siècle et pourra lui-même être le témoin de la présence d’un certain type de flore au début du XXIe siècle à Toulouse. Par exemple, on y apprend que la proportion d’espèces exotiques dans les flores urbaines est de plus en plus importante et traduit les effets de la mondialisation.